Während der ersten 60 Jahre seines Bestehens konzentrierten sich die Forschungen des Deutschen Evangelischen Instituts für Altertumswissenschaft des Heiligen Landes vorrangig auf historische und topographische Themen, die mit dem Alten Testament verknüpft waren. In Folge des I. und II. Weltkriegs konnten die regulären Forschungsarbeiten des DEI erst nach 1960 wieder aufgenommen werden. Aufgrund des Sechs-Tage-Krieges von 1967 wurde es für das Institut unmöglich, die im Ostjordangebiet begonnenen Arbeiten von Jerusalem aus sinnvoll fortzusetzen. Nur mit Hilfe eines Institutes im Ostjordanland war an die Fortführung der Forschungen zu denken.

Dank der großen Anstrengungen von Dr. Ute Wagner-Lux konnte 1975 ein Grundstück in Amman erworben werden. Zwischen 1976 und 1980 wurde mit Mitteln der "Volkswagenstiftung Hannover" im Nordwesten von Amman das Institutsgebäude errichtet. Die offizielle Einweihung des Deutschen Evangelischen Instituts für Altertumswissenschaft des Heiligen Landes in Amman erfolgte schließlich im April 1982.

Dr. Ute Wagner-Lux leitete das Institut in Amman bis 1982. Die folgenden Direktoren waren: Dr. Ernst Axel Knauf (1982-1985), Dr. Thomas Weber (1985-1990), Dr. Susanne Kerner (1990-1995), Dr. Hans-Dieter Bienert (1996-2001), Dr. Roland Lamprichs (2001-2004) und Dr. Jutta Häser (seit 2004).